Родился 7 июня 1952 года в протестантском городке Бэллимэн в Северной Ирландии в семье католиков, школьных охранника и поварихи.
С детства мечтал стать учителем, но, проучившись год в местном учительском колледже, передумал и решил профессионально заняться боксом, был чемпионом Ирландии в своём весе. Отношения Нисона со спортом, увы, не сложились («били сильно, платили мало»). Он пробовал свои таланты на математическом и педагогическом факультетах Королевского колледжа Белфаста, но с обоих его отчислили за неуспеваемость. Работал водителем погрузчика на "Гиннессе", шофером грузовика.
В 1976 году откликнулся на объявление о том, что Лирическому Театру в Белфасте нужен высокий актёр на небольшую роль. Он проработал с труппой два года, потом поступил в Дублинский прославленный Театр Эбби, где его и увидел кинорежиссёр Дж.Бурмэн, предложивший 27-летнему Нисону роль сэра Гайвена в эпическом «Эскалибуре» (1981).
С тех пор Нисон сыграл множество ролей в большом диапазоне главных героев и героев второго плана во множестве разных Британских и Голливудских фильмов.
Пиком же карьеры Нисона стала главная роль в блокбастере "Список Шиндлера" (1993), принёсшая актёру номинацию на "Оскар". Режиссёр фильма, Стивен Спилберг, пригласил Нисона на эту роль после того, как увидел в бродвейском спектакле.
Следующие его работы лишь подтвердили профессионализм актёра.
Со своей супругой, английской актрисой Наташей Ричардсон (1963-2009), Нисон познакомился также на бродвейской сцене. Весь 1993 год они играли центральные роли в спектакле «Анна Кристи», в июле 1994 года поженились, и вскоре Ричардсон подарила мужу двух сыновей-погодков.
В 1999 году стал офицером ордена Британской Империи.